Деякі енхансери розташовані вище за течією промотора, тоді як інші розташовані нижче за течією, тому ефект ізолятора не залежить від його відносного положення щодо промотора. Тому причина спрямованості ефекту ізолятора ще не до кінця зрозуміла. Було виявлено, що два локуси впливають на функцію ізолятора через транс-активацію. Ген S2J(Hw) кодує нуклеопротеїн, який розпізнає інсулятори; ізолятор надає свою ізоляційну дію лише після зв’язування з ним.
Коли цей ген мутується, незважаючи на те, що ізолятор вставляється в y-локус, ізолюючий ефект втрачається, і y експресується в усіх тканинах. Інший локус — mod(mdg 4), і мутації в цьому гені мають ефект, протилежний Su(Hw); всі ці мутанти підсилюють ізоляційний ефект, роблячи ізоляційний ефект ізолятора не спрямованим, а розширеним, таким чином блокуючи ефекти вищих і нижніх енхансерів. Одне з пояснень полягає в тому, що Su(Hw) спочатку зв’язується з ДНК ізолятора, змушуючи ізолятор проявляти свій ізолюючий ефект. Коли mod(mdg4) поєднується з Su(Hw), ізолятор втрачає свій ізоляційний ефект; коли mod(mdg4) різко змінюється, він не може поєднуватися з Su(Hw), таким чином ізолятор відновлює свої ізоляційні властивості.
